Die Kühlung ist einer der bekannten Schwachpunkte des E46, da die Kunststoffteile des Systems mit den Jahren ausfallen. Wenn Sie auf der Rennstrecke fahren oder die Motorleistung steigern möchten, ist es ratsam, sie durch widerstandsfähigere Teile zu ersetzen.
Es gibt Aluminium-Kühler von Mishimoto, Cooling Solutions und FMIC PRO, ein Mishimoto Racing-Thermostat sowie Silikonschlauch- und Elektrolüfter-Kits, mit separaten Ausführungen für den M3 S54. Für die Dieselmodelle 318d, 320d und 330d ist der Front-Ladeluftkühler von FMIC erhältlich.
